Zabezpečenie zariadení spravovaných najnovšími verziami iOS vyšlo najavo po žiadosti časti FBI aby chlapci z Cupertina ponúkli obídenie bezpečnostného kódu, aby mali prístup k obsahu iPhonu 5c použitého teroristami pri útokoch z minulého decembra v San Bernarido v Spojených štátoch.
Od začiatku Apple ho odmietol odomknúť a vytvoriť zadné vrátka, ktoré by americkým orgánom umožnili prístup k ľubovoľnému zariadeniu týmto spôsobom, čo prinútilo úrady krajiny, aby si museli najať externý expres, ktorý to nakoniec dokázal, prinajmenšom v zariadeniach nižších ako iPhone 5s Proces prístupu k najnovším modelom iPhone je ale veľmi pokročilý.
Podľa publikácie The Verge sa niekoľko inžinierov spoločnosti stretlo s niekoľkými novinármi na konferencii, ktorú pravidelne organizujú a na ktorej potvrdili, že spoločnosť so sídlom v Cupertine je najefektívnejší vývoj bezpečného softvéru. Okrem toho rokovali aj o požiadavke americkej vlády, aby spoločnosť vytvorila verziu iOS so zadnými vrátami, ktorá im umožní prístup kedykoľvek budú chcieť.
Inžinieri spoločnosti Apple tvrdia, že Ochrana pre iOS sa začína od bootovacej ROM alebo pamäťového čipu, ktorý obsahuje certifikát, ktorý môže čítať iba spoločnosť. Ak sa niekto mimo spoločnosti pokúsi upraviť verziu systému iOS tak, aby sa pokúsil preniknúť do vlastného kódu, nebude to fungovať, pretože nemá prístup ku kľúču, ktorý generuje certifikáty. Tento postup funguje od uvedenia zariadenia iPhone 3GS na trh.
Zavádzací kľúč zaisťuje platnosť certifikátov alebo kľúčov použitých pri procese zavádzania. Napriek tomu, že je to pár riadkov kódu šancí na nájdenie poruchy a jej využitie je veľmi málo. Rovnako tak inžinieri opäť zdôrazňujú dôležitosť inštalácie všetkých aktualizácií, ktoré spoločnosť uvádza na trh, aby sa predišlo bezpečnostným rizikám, ktoré spoločnosť predtým zistila. Možnosť možnosti aktualizovať zariadenie, keď ho nabíjame v noci, prispela k tomu, že súčasná miera adopcie systému iOS 9 je 80%.
Šifrovanie hrá v zabezpečení zariadenia veľmi dôležitú úlohu. Spoločnosť Apple používa na ochranu informácií vo vnútri nielen softvér používa tiež hardvér vo svojich pamäťových flash pamätiach na zlepšenie šifrovania z iPhone 5s, a to prostredníctvom možnosti Secure Enclave, ktorá šifruje všetky informácie uložené v pamäti, ku ktorým nie je možné získať prístup z iných častí zariadenia.